Análisis epidemiológico molecular in silico del genotipo ST213 de Salmonella enterica

Abstract

The species Salmonella entericaincludes six subspecies, with the entericasubspecies being the main responsible for infections in animals and humans, representing a serious global public health problem. This pathogen is one of the most frequently etiological agents associated with foodborne illnesses, causing 93.8 million cases of human gastrointestinal infections per year, 150,000 of which result in death. The traditional typing of S. entericasubsp. entericain epidemiological studies has been carried out using the Kauffmann-White-Le Minor scheme to assign strains to a specific serotype out of approximately 1547 described. The Typhimurium and its monophasic variants are among the five most prevalent serotypes worldwide, frequently isolated from human, animal, food, and environmental samples. It has been observed that some serotypes show the same antigenic formula, making necessary the use of additional techniques for strain differentiation and analysis of mechanisms associated with the emergence and spread of specific variants. Various genetic-molecular techniques have been employed for this purpose, including Multi Locus Sequence Typing (MLST), which managed to identify Sequence Type 19 (ST19) as the founder genotype for other Sequence Types (STs) within the Typhimurium serotype, being the most abundant and widely distributed genotype globally. Recently, the displacement of the ST19 genotype by the ST313 genotype in Africa and the ST34 genotype in Asia have been reported. These genotypes carry diverse genetic determinants for antibiotic resistance and virulence, making them of public health concern. Given the close clonal relationship between strains of the same genotype, evaluation of epidemiological relatedness at this level of differentiation is only possible through comparative genomic analysis.

La especie Salmonella enterica incluye a seis subespecies, siendo la subespecie enterica la principal responsable de infecciones en animales y humanos, representando un grave problema de salud pública a nivel mundial. Este patógeno es uno de los agentes etiológicos más comúnmente asociados a enfermedades de transmisión alimentaria, ocasionando 93.8 millones casos de infecciones gastrointestinales humanas al año, de las cuales 150 000 resultan en decesos. La tipificación tradicional de S. enterica subsp. enterica en estudios epidemiológicos se ha realizado mediante el esquema Kauffmann-White-Le Minor para asignar cepas a un serotipo específico de los aproximadamente 1547 serotipos descritos. El serotipo Typhimurium y sus variantes monofásicas se encuentran dentro de los cinco serotipos más prevalentes en distintas regiones del mundo, aislándose frecuentemente de muestras humanas, animales, alimentarias y ambientales. Se ha observado que algunos serotipos muestran la misma fórmula antigénica, por lo que se requiere de técnicas adicionales para la diferenciación de cepas y el análisis de los mecanismos asociados al surgimiento y dispersión de variantes específicas. Diversas técnicas genético-moleculares se han utilizado con tal fin, entre las que se encuentra la genotipificación por Multi Locus Sequence Typing (MLST), que reveló a la Secuencia Tipo 19 (ST19) como el genotipo fundador del resto de Secuencias Tipo (STs) dentro del serotipo Typhimurium, siendo el serotipo y genotipo más abundantes y ampliamente distribuidos a nivel global. Recientemente se ha reportado el desplazamiento del genotipo ST19 por el genotipo la ST313 en África o el ST34 emergente en Asia, identificándose en estos determinantes genéticos de resistencia múltiple a antibióticos y virulencia que los hacen de relevancia en salud pública. Dada la relación clonal estrecha entre cepas del mismo genotipo, la evaluación de las relaciones epidemiológicas a este nivel de diferenciación solo es posible mediante el análisis genómico comparativo.