Diversidad de genes phlD y hcnC de cepas endófitas y rizosféricas productoras de sideróforos en plantas de zarzamora (Rubus fruticosus)

Abstract

In this work we analyzed the diversity of genes present in endophytic and rhizosphere strains of blackberry plants (Rubus fruticosus). The number of endophytic and rhizospheric strains tested was 411, 70 of these strains which produce siderophores, taking these strains as a model to search for genes involved in the biocontrol which made the DNA extraction and were amplified hcnC and phlD genes by PCR of which the phlD gene is the precursor of 2,4-diacetylphloroglucinol which is an antibiotic produced by the genus Pseudomonas, which is an indirect mechanism of biocontrol reported, the gene also amplified hcnC which is the precursor of hydrocyanic acid is known to be a broad-spectrum antimicrobial compound involved in the biological control of various diseases in plants. These strains were sent to sequencing to perform a phylogenetic study and thus to characterize the strains. According to the results of bacterial species they were recorded and amplified for the gene phlD were P. sp. MP12, P. fluorescens HR3-A13, P. fluorescens PR3-A52 and P. fluorescens 19-7 while bacterial species were amplified the gene hcnC were P. chlororaphis UFB2, P. protegens Pf-5, P. putida PC2, P. brassicacearum DF41 y P. protegens Cab57.

En este trabajo analizamos la diversidad de genes presentes en cepas endófitas y rizosféricas de plantas de zarzamora (Rubus fruticosus). El número de cepas endófitas y rizosféricas analizadas fue de 411, las cuales 70 de estas cepas producen sideróforos, tomando estas cepas como modelo para realizar la búsqueda de genes implicados en el biocontrol a las cuales se les hizo las extracción de ADN y se les amplificó por medio de PCR los genes phlD y hcnC de los cuales, el gen phlD es el precursor del 2,4-Diacetilfloroglucinol que es un antibiótico producido por el género Pseudomonas, el cual es un mecanismo indirecto de biocontrol reportado. También se amplificó el gen hcnC el cual es el precursor del ácido cianhídrico, que es conocido por ser un compuesto antimicrobiano de amplio espectro implicado en el control biológico de varias enfermedades presentes en las plantas. Estas cepas se enviaron secuenciar para poder realizar un estudio filogenético y con ello poder caracterizar las cepas. De acuerdo a los resultados las especies bacterianas que se registraron y amplificaron para el gen phlD fueron P. sp. MP12, P. fluorescens HR3-A13, P. fluorescens PR3-A52 y P. fluorescens 19-7 mientras que las especies bacterianas que amplificaron el gen hcnC fueron P. chlororaphis UFB2, P. protegens Pf-5, P. putida PC2, P. brassicacearum DF41 y P. protegens Cab57.