Polimorfismos en el gen pe_pgrs18 en cepas de Mycobacterium tuberculosis aisladas en Michoacán y Querétaro y su asociación con el genotipo y datos clínicos

Abstract

Mycobacterium tuberculosis is classified into 6 lineages that are subdivided into families and genotypes with particular phenotypic characteristics, which influence its virulence and transmissibility. Some of the pe/ppe genes of M. tuberculosis encode the proteins associated with virulence and modulation of the host’s immune response. These genes are highly polymorphic and such polymorphisms have been associated with variations in the physicochemical properties of the proteins they encode and with the pathogenicity of the strains that present them. Our work group has strains of M. tuberculosis isolated from 2009 to 2015 from patients from Michoacán and Querétaro. It is known that more than 50% of the strains isolated from 2009 to 2011 have polymorphisms in the pe_pgrs18 gene, and that certain polymorphisms are related to the clinical origin. In this work, polymorphisms were detected in the pe_pgrs18 gene of 59 M. tuberculosis strains, of which 40 were isolated in Michoacán during 2009-2014 and 19 in Querétaro during 2015. For the Michoacán strains, it was determined whether there was a relationship between such polymorphisms with the genotype and the epidemiological data. Of all the strains, 26 presented variations in conserved regions of the gene, of which 16 are from Michoacán with 77 SNPs, 1 insertion and 11 deletions, and 10 from Querétaro with 224 SNPs, 2 insertions and 14 deletions. The most polymorphic strains were MYC 106 and MYC 107 from Querétaro and MYC 066 from Michoacán. The PROVEAN program predicted that 6 of the strains have polymorphisms detrimental to the protein, of which 4 are from Michoacán and 2 from Querétaro.

Mycobacterium tuberculosis se clasifica en 6 linajes que se subdividen en familias y genotipos con características fenotípicas particulares, que influyen en su virulencia y transmisibilidad. Algunos de los genes pe/ppe de M. tuberculosis codifican para proteínas asociadas con la virulencia y la modulación de la respuesta inmune del huésped. Estos genes son altamente polimórficos y dichos polimorfismos se han relacionado con variaciones en las propiedades fisicoquímicas de las proteínas para las cuales codifican y con la patogenicidad de las cepas que los presentan. Nuestro grupo de trabajo cuenta con cepas de M. tuberculosis aisladas del 2009 al 2015 de pacientes de Michoacán y Querétaro. Se sabe que más del 50% de las cepas aisladas del 2009 al 2011, presentan polimorfismos en el gen pe_pgrs18, y que ciertos polimorfismos se relacionan con el origen clínico. En este trabajo se detectaron los polimorfismos en el gen pe_pgrs18 de 59 cepas de M. tuberculosis de las cuales 40 fueron aisladas en Michoacán durante 2009-2014 y 19 de Querétaro durante 2015. Para las cepas de Michoacán se determinó si existía una relación entre dichos polimorfismos con el genotipo y los datos epidemiológicos. De todas las cepas, 26 presentaron variaciones en las regiones conservadas del gen, de las cuales 16 son de Michoacán con 77 SNPs, 1 inserción y 11 deleciones y 10 de Querétaro, con 224 SNPs, 2 inserciones y 14 deleciones. Las cepas más polimórficas fueron MYC 106 y MYC 107 de Querétaro y la cepa MYC 066 de Michoacán. El programa PROVEAN predijo que seis de las cepas poseen polimorfismos perjudiciales para la proteína, de las cuales 4 son de Michoacán y 2 de Querétaro.