Determinantes genéticos de la resistencia a los antimicrobianos en aislados clínicos de Acinetobacter baumannii

Abstract

Acinetobacter baumannii is an important etiological agent of healthcare associated. Currently, resistome acquisition is the technology based on whole genome sequencing to identify the genetic determinants related to antibiotic resistance. Knowledge of these determinants would provide relevant information to individualize treatment strategies. Objective. To analyze the clonality and genetic determinants responsible for antibiotic resistance in strains of Acinetobacter baumannii, isolated in Mexico. Methodology. Analysis of the infection associated with A. baumannii was carried out during 2022 at the “Dr. Miguel Silva” General Hospital. 52 A. baumannii genomes were downloaded from public databases from Mexico. In addition, 10 strains of A. baumannii were selected from the total number of isolates obtained from June 2022 to January 2023 from nosocomial infections. Their susceptibility to antibiotics was determined using VITEK®2 followed by DNA extraction and subsequent genome sequencing using the Illumina platform. Using bioinformatics tools, the genetic diversity of the isolates and the identification of genetic determinants and mobile genetic elements (MGEs) responsible for antibiotic resistance were evaluated, as well as the phenotypic and genotypic correlation of the clinical isolates. Results. 133 healthcare-associated infections due to A. baumannii were reported (20.6% per 100 HAIs). Sequence types (ST) were assigned to 54 genomes (45 downloaded and 9 sequenced strains) using the Pasteur scheme. Using these STs, 6 international clonal complexes (ICC) were established: 1, 2, 4, 5, 10 and 15. ST 2 together with ST 1544 (n=2) make up international clonal complex 2, which was the predominant one. Of the Michoacán genomes, 8 strains were ST2 and one was ST32, in one ST could not be determined. The most frequent genetic determinant of resistance was to beta-lactams in 44 genomes (77.19%); the most frequent genes were blaADC-25: 26 (59%), in second place blaOXA-66: 22 (50%) and blaOXA-65 (29.5%).

Acinetobacter baumannii es un agente etiológico importante de infecciones asociadas a la atención de la salud. Actualmente la obtención del resistoma es la tecnología basada en la secuenciación del genoma completo para identificar los determinantes genéticos relacionadas con la resistencia a los antibióticos. El conocimiento de estos determinantes aportaría información relevante para individualizar estrategias de tratamiento. Objetivo. Analizar la clonalidad y los determinantes genéticos responsables de la resistencia a los antibióticos en cepas de Acinetobacter baumannii, aisladas en México. Metodología. Análisis de la infección asociada a A. baumannii durante el 2022 del Hospital General “Dr. Miguel Silva”. Se descargaron 52 genomas de A. baumannii de bases de datos públicas provenientes de México. Se seleccionaron 10 cepas de A. baumannii del total de aislados de 2022-2023. Se determinó su susceptibilidad a antibióticos mediante VITEK®2 seguido de extracción de ADN y posterior secuenciación del genoma mediante la plataforma Illumina. Mediante herramientas bioinformáticas se evaluó la diversidad genética de los aislados y la identificación de determinantes genéticos y elementos genéticos móviles (MGEs) responsables de la resistencia a antibióticos, así como la correlación fenotípica y genotípica de los aislados clínicos. Resultados. Se reportaron 133 infecciones asociadas a la atención de la salud por A. baumannii (20.6% por 100 IAAS). Se asignaron secuencias tipo (ST) a 54 genomas (45 descargados y 9 de cepas secuenciadas) utilizando el esquema de Pasteur. Mediante estas ST, se establecieron 6 complejos clonales internacionales (CCI): 1, 2, 4, 5, 10 y 15. La ST 2 junto con la ST 1544 (n=2) conforman el complejo clonal internacional 2 y que fue el predominante. El determinante genético de resistencia más frecuente fue a betalactámicos en 44 genomas (77.19%) mediante genes del tipo blaADC-25: 26 (59%), en segundo lugar blaOXA-66: 22 (50%) y blaOXA-65 (29.5%).