Estudio ecológico molecular de la comunidad de enterobacterias cultivables en granjas de producción lechera a pequeña escala de las comunidades de Téjaro y Cotzio, Mich.

Abstract

In Mexico does not exist information about the presence of zoonotic pathogenic enterobacteria in small scale dairy farms. In Mexico small scale dairy farms are very important for the familiar economy, but there are no studies about the relation between handling practices and milk contamination in these farms. The main objectives of this study were: a) to characterize the community of enterobacterias in small scale dairy farms, and b) to find possible relations between handling practices and the bacterial dispersion and the contamination of produced milk. A combination of molecular genetics techniques and classic microbiology was used to identify the most abundant culturable enterobacteria species in eight small scale dairy farms from the localities of Tejaro and Cotzio in Tarimbaro, Michoacan. 310 isolates were obtained from milk samples (n=71), udder (n=79), bedding material (n=85) and feces (n=75). The obtained isolates were identified using the partial sequence of the16S ribosomal RNA subunit gene as Escherichia coli (n=196), Escherichia fergusonii (n=2), Shigella flexneri (n=40), Enterobacter cloacae (n=6), Enterobacter hormaechei (n=3), Enterobacter cowanii (n=2), Klebsiella oxytoca (n=5), Brenneria rubrifaciens (n=53) y Photorhabdus luminescens (n=3). The potential risk for cattle and human being health of each one of the identified species is discussed. Using the software DOTUR and UniFrac the 310 sequences were grouped in 60 OTUs, with a minimum of 2 and a maximum of 19 by farm, there were found farm groups that share the community structure, displaying differences statistically significant between each group of farms. E. coli were the majority population in all studied farms.

En México no se cuenta con información sobre la presencia de enterobacterias patógenas zoonóticas en el ambiente de granjas lecheras. Menos aún se ha evaluado la relación de las prácticas de manejo con la contaminación bacteriana de la leche, en particular de aquellas granjas de producción a pequeña escala, las cuales son muy importantes para la economía familiar en ambientes rurales. Por esto, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar a la comunidad de enterobacterias cultivables en el ambiente de granjas lecheras de producción a pequeña escala y encontrar posibles relaciones entre las prácticas de manejo con la dispersión bacteriana y con la contaminación de la leche producida. Se identificaron mediante la combinación de técnicas de genética molecular y microbiología clásica las especies de enterobacterias cultivables más abundantes de 8 granjas de producción lechera a pequeña escala de las localidades de Téjaro y Cotzio pertenecientes al municipio de Tarímbaro, Mich. Se obtuvieron 310 aislados provenientes de muestras de leche (n=71), ubre (n=79), material de cama (n=85) y excretas (n=75). Los aislados obtenidos se identificaron mediante la secuencia parcial del gen de la subunidad 16S de ARN ribosomal como Escherichia coli (n=196), Escherichia fergusonii (n=2), Shigella flexneri (n=40), Enterobacter cloacae (n=6), Enterobacter hormaechei (n=3), Enterobacter cowanii (n=2), Klebsiella oxytoca (n=5), Brenneria rubrifaciens (n=53) y Photorhabdus luminescens (n=3). Se discute el riesgo potencial para la salud del ganado y del ser humano de cada una de las especies identificadas. Empleando los paquetes DOTUR y UniFrac las 310 secuencias se agruparon en 60 OTUs, con un mínimo de 2 y un máximo de 19 por granja, y se encontraron grupos de granjas que comparten la estructura de la comunidad, presentándose diferencias estadísticamente significativas entre cada grupo de granjas.