Extracción con DNAzol® como una alternativa para la obtención de ADN de fluido ruminal para análisis PCR-SSCP

Abstract

Ruminal microorganisms components of the plant cell wall to structurally simpler molecules oxidize handles. A complex community in the ecosystem of rumen microorganisms include fungi, bacteria and protozoa sharing their metabolic niches. In this research it is to compare different methods of extraction and cleaning of DNA and show how they influence the quality with which this is obtained for the study of the diversity of fungal populations in the rumen and thus identify and assess how their dynamics is affected by the content of the diet by PCR-SSCP analysis ribosomal RNA genes. The results were analyzed by PCR-SSCP assay, in which differences are highlighted in effect between substrates. In assessing extraction methods, the cast results show that DNA extraction with DNAzol was better, consistent products PCR-SSCP show better defined bands, the greater amount of amplification product that the extraction method Krause . DNA extracted with silica beads no PCR product bands were observed on agarose gels.

Los microorganismos ruminales se encargan de oxidar los componentes de la pared de la célula vegetal a moléculas estructuralmente más simples. Una comunidad compleja en el ecosistema del rumen de microorganismos incluye hongos, bacterias y protozoarios compartiendo sus nichos metabólicos. En la presente investigación se pretende comparar diferentes métodos de extracción y de limpieza del ADN y demostrar como influyen en la calidad con que este sea obtenido para el estudio de la diversidad de poblaciones de hongos en el rumen y así identificar y evaluar cómo su dinámica es afectada por el contenido de la dieta mediante análisis PCR-SSCP de genes de ARN ribosomal. Los resultados se analizaron mediante un ensayo de PCR-SSCP, en la que se señalan diferencias en el efecto entre sustratos. Al evaluar los métodos de extracción, los resultados arrojados nos muestran que la extracción de ADN con DNAzol fue la mejor, por consecuente los productos de PCR-SSCP nos muestran bandas mejor definidas, mayor cantidad del producto de amplificación que el método de extracción de Krause. El ADN extraído con perlas de silica no se observaron bandas de producto de PCR en geles de agarosa.