A very interesting area within the molecular modeling is the design of new compounds. QSAR methods have shown the relations between molecular structure and biological activity of the compounds can be mathematically from simple structural parameters (descriptors). In one part of this work, a QSAR analysis of several reconocedoras groove molecules have activity against parasites and as growth inhibitors of neoplastic cells is performed. The descriptors chosen in the mathematical model are related to the topological recognition of DNA and the distances to be to keep certain key atoms within the molecule for interaction with the target (DNA) is optimal. The type chosen for the QSAR analysis and subsequent synthesis molecules were peptides. Based on these exhibit a wide range of biological and chemical properties, their study in recent times has been very boom in diverse areas of research. Was achieved in several computer design work with certain chains linked dipeptide at the carboxyl terminus, predict their activity using the model established and synthesize β, α- and α, α-dipeptide which are the structural basis of the dipeptide designed. In the end we found that a purge of many selected compounds is preferred before performing synthesis.
Un área sumamente interesante dentro del modelado molecular es el diseño de nuevos compuestos. Los métodos QSAR han demostrado que las relaciones entre la estructura molecular y la actividad biológica de los compuestos se pueden cuantificar matemáticamente a partir de parámetros estructurales simples (descriptores). En una parte del presente trabajo se realiza un análisis QSAR de varias moléculas reconocedoras de surco que presentan actividad contra parásitos y como inhibidores del crecimiento de células neoplásicas. Los descriptores elegidos en el modelo matemático se relacionan al reconocimiento topológico del DNA y a las distancias que se deben de guardar determinados átomos clave dentro de la molécula para que su interacción con la diana (DNA) sea la óptima. El tipo de moléculas elegidas para el análisis QSAR y posterior síntesis fueron péptidos. En base a que estos exhiben un amplio rango de propiedades biológicas y químicas, su estudio en los últimos tiempos ha tenido mucho auge en las muy diversas áreas de la investigación. Se logró en el trabajo diseñar por computadora varios dipéptidos con determinadas cadenas unidas en el extremo carboxilo, predecir su actividad mediante el uso del modelo establecido y sintetizar β,α- y α,α-dipéptidos que son las bases estructurales de los dipéptidos diseñados. Al final pudimos comprobar que se prefiere una depuración de muchos compuestos seleccionados antes de la realización de su síntesis.
