The Tropical Eastern Pacific (TEP) is a biogeographic region distinguished by a rocky coast, interrupted in two major portions by sandy, muddy bottoms, and often mangrove-lined lagoons, without significant rocky outcroppings, called ’Sinaloan Gap’ and ‘Central American Gap’. The species of the genus Malacoctenus are strongly associated to the rocky bottom, hence, the present study aims to evaluate through of the molecular markers Cytb, Rhod and Rag1, the influence of these habitat gaps on the genetic structure of the populations of Malacoctenus species along the region. Herein, the phylogenetic trees of the three genes and the concatenated tree showed the species and subspecies as well differentiated monophyletic groups. It was found that the Central American Gap influences the genetic structure of M. margaritae, M. zonifer and M. ebisui. These results support the proposal to consider the subspecies M. m. mexicanus, M. m. margaritae, M. z. zonifer and M. z. sudensis as species, whereas, there was no evidence of the existence of the subspecies M. t. multipunctatus and M. t. tetranemus. In addition, the Cytb revealed a genetic structure among the populations of M. ebisui to the south of the Central American Gap: Panama-Ecuador and Costa Rica (̅ = 2.8 and 4.9%, FST = 0.7927 and 0.8712), with the genetic markers Cytb, Rhod y Rag1 it was found a genetically divergent sister group of M. tetranemus in Continental Ecuador (̅ = 3.9% Cytb). It was observed that M. ebisui and M. tetranemus are species complexes. The genetic groups M. ebisui-México, M. ebisui-Costa Rica and M. tetranemus-Continental Ecuador exhibited superior genetic distances than the recognized for sister species, therefore, subject to more detailed morphologic studies, they could be undescribed species.
El Pacífico Oriental Tropical (POT) es una región biogeográfica caracterizada por una costa rocosa, interrumpida por dos porciones de arena, lodo o manglares sin afloramientos rocosos significativos, llamadas Brecha de Sinaloa y Brecha Centroamericana. Las especies del género Malacoctenus están fuertemente asociadas al lecho rocoso, por lo que el presente trabajo tuvo como objetivo evaluar por medio de los marcadores moleculares Cytb, Rhod y Rag1, la influencia de éstas brechas de hábitat sobre la estructuración genética de las poblaciones de las especies de Malacoctenus a lo largo de la región. En el presente trabajo, los árboles filogenéticos de los tres genes y el árbol concatenado mostraron a las especies y subespecies como grupos monofiléticos bien diferenciados. Se encontró que la brecha Centroamericana influye en la estructuración genética de M. margaritae, M. zonifer y M. ebisui. Los resultados obtenidos soportan la idea de elevar al nivel de especie a las subespecies M. m. mexicanus, M. m. margaritae, M. z. zonifer y M. z. sudensis, mientras que no se encontró evidencia de la existencia de las subespecies M. t. multipunctatus y M. t. tetranemus. El gen Cytb mostró una estructuración genética entre las poblaciones de M. ebisui al sur de la brecha Centroamericana: Panamá-Ecuador y Costa Rica ( ̅ = 2.8 y 4.9%, FST = 0.7927 y 0.8712), mientras que con los marcadores genéticos Cytb, Rhod y Rag1 se encontró un grupo hermano de M. tetranemus, genéticamente divergente en Ecuador continental ( ̅ = 3.9% Cytb). Se observó que M. ebisui y M. tetranemus en realidad conforman un complejo de especies, en donde los grupos genéticos M. ebisui-México, M. ebisui-Costa Rica y M. tetranemus-Ecuador continental superan la distancia genética mínima reconocida para especies hermanas, por lo cual, a reserva de estudios morfológicos detallados, podría tratarse de especies aún no descritas.
