The evolutionary history of marine fishes with strong association to rocky substrates and cryptic ecological habits is strongly associated with habitat discontinuities as well as regional oceanographic processes. Therefore, the objective of the present research is to elucidate the evolutionary, phylogeographic and biogeographic relationships in the populations of the species Scorpaenodes xyris throughout its range of distribution. Location. The biogeographic regions of the Tropical Eastern Pacific: Cortés Province, Mexican province, Panamanian province, Galapagos province and oceanic islands (Revillagigedo and Clipperton). Methods. The mitochondrial gene coxI and the nuclear gene rho were used to obtain the phylogenetic hypotheses by Bayesian inference (IB) and maximum likelihood (MV). Rates of genetic diversity were estimated and neutrality tests of Tajima and Fu F were performed. Molecular variance analyzes were performed to evaluate the genetic variation of groups and populations. Species trees were made using a hierarchical Bayesian model (* STARBEAST). Divergence times and biogeographic history of the group were estimated from analysis of dispersion-extintion-cladogenesis. Results. The phylogenetic hypotheses evidenced the species S. tredecimspinosus as a sister group of S. xyris, as well as 3 clades within S. xyris. One that groups to the species of the Caribbean Scorpaenodes tredecimspinosus (Clado A), another one that groups to the organisms of the Mexican and Panamic provinces (Clado B) and an island clade that groups organisms collected in the province of Galápagos, Cortes, Clipperton Island and Revillagigedo Archipelago (Clado C).
La historia evolutiva de los peces marinos con fuerte asociación a sustratos rocosos y hábitos ecológicos crípticos, está fuertemente asociada a las discontinuidades de hábitat así como a los procesos oceanográficos regionales. Por lo que el objetivo de la presente investigación es elucidar las relaciones evolutivas, filogeográficas y biogeográficas en las poblaciones de la especie Scorpaenodes xyris en todo su rango de distribución. Localidad. Las regiones biogeográficas del Pacífico Oriental Tropical: Provincia de Cortés, provincia Mexicana, provincia Panámica, provincia de Galápagos e islas oceánicas (Revillagigedo y Clipperton). Métodos. Se utilizaron el gen mitocondrial coxI y el gen nuclear rho para obtener las hipótesis filogenéticas por medio de inferencia bayesiana (IB) y máxima verosimilitud (MV). Se estimaron índices de diversidad genética y se realizaron pruebas de neutralidad D de Tajima y F de Fu. Se realizaron análisis de varianza molecular para evaluar la variación genética de grupos y poblaciones. Se realizaron arboles de especies mediante un modelo bayesiano jerárquico (*STARBEAST). Se estimaron tiempos de divergencias y las historia biogeográfica del grupo a partir de un análisis de dispersión – extinción – cladogénesis. Resultados. Las hipótesis filogenéticas evidenciaron a la especie S. tredecimspinosus como grupo hermano de S. xyris, así como 3 clados dentro de S. xyris. Uno que agrupa a la especie del caribe Scorpaenodes tredecimspinosus (Clado A), otro que agrupa a los organismos de las provincias Mexicana y Panámica (Clado B) y un clado isleño, que agrupa organismos recolectados en las provincia de Galápagos, Cortes, Isla Clipperton y Archipiélago de Revillagigedo (Clado C).
