Análisis genético molecular de pecari de collar (Pecari tajacu) del bajo Balsas, Michoacán

Abstract

The collared peccary is a member of the group of American pigs or peccaries, known as one of the existing species of wild mammals in neotropical mammal Michoacán, has played an important role as part of the food chain. Currently, however, the level of genetic diversity of the species is unknown. The aim of this study was to perform molecular analysis in a population of collared peccary Michoacan by mitochondrial marker cytochrome b (cytb) and five microsatellite loci to determine the levels of genetic diversity, haplotype and nucleotide diversity and genetic relationships. 18 biological samples collared peccary (Pecari tajacu) were analyzed further six blood samples of 6 individuals of domestic pig (Sus scrofa) and 6 were collected pecari in captivity. DNA purified from blood and tissue by the method described by FitzSimmons et al. (1997). The set of oligonucleotides described by Irwin et al was used for PCR amplification of a 1140 bp fragment of cytochrome b,. (1991). DNA of both strands sequenced by the dideoxy method of Sanger et al. (1977). Oligonucleotides are used for five microsatellite loci proposed by Stahlberg et al. (1998) and by Gongora et al. (2002). For detection of amplification products in the oligonucleotides 5'GeneScan each pair labeled with the fluorochrome FAM-5 and the internal marker ROX-350 were used. The sequences obtained from cytb and alleles of the microsatellite loci were analyzed using various software packages specialized. In comparison analysis cytb sequences from this study and those previously reported in international data bank, a Tree Distances are constructed by Neighborn Joining method.

El pecarí de collar es un mamífero neotropical perteneciente al grupo de los pecaríes o cerdos americanos, conocido como una de las especies de mamíferos silvestres existente en Michoacán, ha desempeñado un papel muy importante como parte de las cadenas tróficas. Sin embargo, actualmente se desconoce el nivel de diversidad genética de la especie. El objetivo de este estudio fue realizar un análisis molecular en una población de pecarí de collar de Michoacán mediante el marcador mitocondrial citocromo b (cytb) y cinco loci de microsatélites para establecer los niveles de diversidad genética, diversidad haplotípica y nucleotídica, y relaciones genéticas. Se analizaron 18 muestras biológicas de pecarí de collar (Pecari tajacu), adicionalmente se colectaron 6 muestras de sangre de 6 individuos de cerdo doméstico (Sus scrofa) y 6 de pecari en cautiverio. Se purificó ADN de sangre y tejido mediante el método descrito por FitzSimmons et al. (1997). Para la amplificación por PCR de un fragmento de 1140 pb de Citocromo b, se utilizó el juego de oligonucleótidos descrito por Irwin et al. (1991). Se secuenció el ADN de ambas cadenas por el método dideoxy de Sanger et al. (1977). Se utilizaron oligonucleótidos para cinco loci de microsatélites propuestos por Stahlberg et al. (1998) y por Gongora et al. (2002). Para la detección de los productos de amplificación en GeneScan se utilizaron los oligonucleótidos 5´ de cada par, marcados con el fluorocromo FAM-5 y el marcador interno ROX-350. Las secuencias obtenidas de cytb y los alelos de los loci de microsatélites se analizaron mediante varios paquetes de software especializados. Con el análisis de comparación de las secuencias de cytb de este estudio y las reportadas previamente en banco de datos internacional, se construyó un Árbol de distancias mediante el método Neighborn Joining.