Análisis bioinformático y de asociación del gen FLT3 en pacientes con leucemia mieloide aguda

Abstract

The recent identification of genetic mutations associated with AML has allowed to define new disease entities. Of all of them stand out those affecting the FLT3 gene because of its high frequency (15-35%) and its association with response to treatment, clinical prognosis and survival time of patients. OBJECTIVE. Determine the effects of mutations on FLT3 structure and its associations with other genetic markers in patients diagnosed with acute myeloid leukemia MATERIALS AND METHODS. From samples of bone marrow or peripheral blood characterized by karyotype was performed the extraction of DNA and RNA and corresponding cDNA was obtained. Using the DNA and/or cDNA a PCR reaction was performed for each of the markers (FLT3-ITD, FLT3-TKD, KIT-ITD, KIT-TKD, NPM1, CEBPα, DNMT3α, IDH1, IDH2) and the product of these was subjected to purification and sequencing by the Sanger method. Sequences were analyzed by computer methods seeking relevant mutations and the presence of SNPs. With the detected mutations in the study population were realized 90 modelings of the FLT3 protein presenting different variants of ITD (changing size, region and sequence) using SWISS-MODEL.

La reciente identificación de mutaciones genéticas asociadas con LMA ha permitido definir nuevas entidades patológicas. De todos ellas destacan las que afectan al gen FLT3 debido a su alta frecuencia (15-35%) y su asociación con la respuesta al tratamiento, pronóstico clínico y tiempo de sobrevida de los pacientes. OBJETIVO. Determinar los efectos de las mutaciones en la estructura de FLT3 y sus asociaciones con otros marcadores genéticos en pacientes con diagnóstico de leucemia mieloide aguda. MATERIALES Y MÉTODOS. A partir de muestras de médula ósea o sangre periférica caracterizadas por cariotipo se llevó a cabo la extracción de DNA y RNA y se obtuvo el cDNA correspondiente. Utilizando el DNA y/o el cDNA se efectuó una reacción de PCR para cada uno de los marcadores (FLT3-ITD, FLT3-TKD, KIT-ITD, KIT-TKD, NPM1, CEBPα, DNMT3α, IDH1, IDH2) y el producto de este se sometió a purificación y secuenciación por el método de Sanger. Las secuencias se analizaran por métodos informáticos buscando las mutaciones pertinentes y la presencia de SNP´s. Apartir de las mutaciones detectadas en la población de estudio se realizarón 90 modelados de la proteína FLT3 presentando diferentes variantes del ITD (modificando tamaño, región y secuencia) utilizando SWISS-MODEL.