Revisión taxonómica de Salvia subgénero Calosphace sección Scorodoniae y reconstrucción del genoma de cloroplasto en representantes de Scorodoniae, Sigmoideae y Uricae

Abstract

Salvia includes ca. 900 species, many of which have economic importance in pharmaceutics, horticulture, nutrition and gastronomy. It is also one of the most challenging angiosperm groups, both for species recognition and the obtainment of robust phylogenetic hypotheses. Calosphace is the most diverse subgenus of Salvia, and the Mexican flora contains about 300 of its approximately 500 species. In this thesis a morphological reevaluation of the Mexican endemic section Scorodoniae is presented and chloroplast genome reconstruction via massively parallel sequencing of sect. Scorodoniae and species in the putatively allied sections Sigmoideae and Uricae is conducted The taxonomic revision of Scorodoniae is presented in the first chapter. It is based on the examination of 460 herbarium specimens stored at EBUM, ENCB, IEB, MEXU, and UAMIZ. Section Scorodoniae contains species with deltoid, ovate, ovate-lanceolate and lanceolate-elliptic leaves and small flowers. Sixteen species are recognized, including S. dugesii and S. gonzalezii which were previously considered synonyms of S. melissodora and S. pannosa respectively; S. tepicensis is synonym of S. aequidistans, and S. fruticulosa, previously in sect. Tomentellae, is added to sect. Scorodoniae. The section's diagnosis, identification key, descriptions, and maps are also presented. The second chapter contains the chloroplast genome assembly obtained by target enrichment of the massively parallel sequencing techniques, polymorphic genes, and spacers useful in phylogenetic reconstruction and simple sequence repeats.

El género Salvia cuenta con ca. 900 especies, muchas de ellas de importancia económica, farmacéutica, hortícola, alimentaria y gastronómica; además de ser de los géneros de angiospermas más complejos, en el reconocimiento de sus especies, también presenta dificultad para obtener propuestas filogenéticas robustas. En la flora mexicana el subg. Calosphace es el más ampliamente representado con ca. 300 de sus ca. 500 especies. En este trabajo, se presenta la reevaluación morfológica de la sección Scorodoniae; endémica de México y la reconstrucción del cloroplasto por secuenciación masiva en paralelo, de algunos miembros de la misma y de las secciones putativamente emparentadas Sigmoideae y Uricae. En el primer capítulo se presenta la evaluación taxonómica de la secc. Scorodoniae, producto de la revisión de 460 especímenes depositados en los herbarios EBUM, ENCB, IEB, MEXU y UAMIZ. La secc. Scorodoniae incluye especies de lámina foliar deltoide, ovada a ovado-lanceolada o lanceolada elíptica, haz bullado-rugoso y flores pequeñas. Se reconocen 16 especies, entre ellas S. dugesii y S. gonzalezii que habían sido consideradas sinónimos de S. melissodora y S. pannosa respectivamente, se propone como sinónimo de S. tepicensis a S. aequidistans y se incorpora a esta sección a S. fruticulosa, originalmente ubicada en la secc. Tomentellae; además se presenta la diagnosis de la sección, clave de identificación, descripciones y mapas de distribución. En el segundo capítulo se presenta la reconstrucción del genoma de cloroplasto con la nueva tecnología de secuenciación (NGS) mediante enriquecimiento dirigido (target enrichment), se reconocen genes y espaciadores polimórficos para reconstrucción filogenética y secuencias repetidas simples.