The excessive use of pesticides in crops has generated resistance of plant pathogens, that affect the environment and human health. Therefore, it is necessary to implement ecologically friendly systems, such as the use the plant microbiome as alternative for the development of new control forms. Studies carried out on the microbiome of plants show the potential of their antagonistic microorganisms or the secondary metabolites derived from them. Fungi and bacteria living inside or outside plants could be used for biotechnological applications. In recent years, studies have been focused on their application in agriculture for the control of plant diseases. Their ability to secrete secondary metabolites and volatile organic compounds (VOCm) that are involved in processes such as sporulation, Fe uptake and storage, or in defense or plant growth promotion have fomented great interest for study. Metabolites have a positive impact on microorganisms or their hosts. Therefore, it is necessary to evaluate their potential in strains obtained from native ecological niches, as in the case of wild Rubus spp. (i.e., blackberries and raspberries), for the use as biotechnological tools. The aim of this work was to isolate the fungal and bacterial microbiome associated with wild blackberry plants to determine their antagonist effect against economically important phytopathogens. The microbial and extracts antagonistic potential was evidenced in coculture and disk diffusion bioassays, respectively. The CAS medium was used for detection of siderophores and bioassays to evaluate VOCm. Antagonistic fungi and bacteria against Fusarium oxysporum, Cylindrocarpon liriodendri and Phytophthora cinnamomi that showed the capacity to secrete siderophores and VOCm, were found.
El uso desmedido de pesticidas en los cultivos ha generado resistencia de varios agentes fitopatólogicos, afectado al ambiente y salud humana. Por ello, es necesario implementar sistemas amigables, como el microbioma de plantas como alternativa para el desarrollo de nuevas formas de control. Trabajos realizados en microbioma de plantas muestran el potencial de microorganismos antagónicos o los metabolitos secundarios derivados de éstos. Los hongos y bacterias habitan dentro o fuera de las plantas y gracias a sus aplicaciones biotecnológicas, en años recientes se han enfocado estudios en su aplicación en la agricultura para el control de enfermedades en plantas. Su capacidad para secretar metabolitos secundarios y compuestos orgánicos volátiles (VOCm, por sus siglas en inglés) que intervienen en procesos como la esporulación, la captación y almacenamiento de hierro (Fe), o en defensa o promoción del crecimiento vegetal han despertado gran interés para su estudio. Los metabolitos inciden positivamente en los microorganismos o en sus hospederos, por ello es necesario evaluar su potencial en cepas de nichos ecológicos nativos, como en el caso de Rubus spp. silvestres (i. e., zarzamoras y frambuesas), para extrapolar las herramientas biotecnológicas hacia plantas cultivadas que son afectadas por agentes fitopatógenos. El objetivo de este trabajo fue aislar el microbioma fungoso y bacteriano asociado a plantas silvestres de zarzamora para determinar su efecto antagonista sobre agentes fitopatógenos de importancia económica. El potencial antagónico microbiano y de extractos se evidenció en bioensayos de cocultivo y difusión en disco, respectivamente. Se utilizó el medio CAS para detección de sideróforos y bioensayos para evaluar VOCm. Se encontraron hongos y bacterias antagonistas de Fusarium oxysporum, Cylindrocarpon liriodendri y Phytophthora cinnamomi que presentaron la capacidad para secretar sideróforos y VOCm.
